Sóng ở đáy sông xoay quanh cuộc đời Núi (Xuân Bắc) – con của người vợ lẽ sống trong một gia đình tư sản thời cũ. Từ nhỏ, Núi cùng hai em Sông (Mạnh Quân) và Biển (Phạm Minh Nguyệt) đã không được bố là Ông Đại (Duy Hậu) chấp nhận làm con và luôn tìm cách để tống khứ ra khỏi nhà. Khi chiến tranh nổ ra, lợi dụng việc di tản của thành phố, Núi và hai em bị gửi về quê ngoại. Tại đây, cậu có mối tình đầu với một người cô họ hàng xa tên Hiền (Thu Hường) và khiến cô có thai. Sau khi gia đình phát hiện sự việc, Hiền đã bỏ đi nơi khác. Tai họa ập đến khi mẹ Núi mất, bố bỏ rơi ba anh em. Hết kế sinh nhai, Núi trở thành kẻ cắp và phải đi tù nhiều lần, sống trong kiếp giang hồ. Sau đó, Núi gặp Mây (Kim Oanh) và làm cô có thai, nhưng cô bỏ đi theo tình cũ sang Trung Quốc buôn lậu. Núi gặp lại Hồng (Nguyễn Như Hiền), người bạn của Hiền sau 15 năm, định nên duyên vợ chồng thì Mây mang con về. Mây đánh ghen và khiến Hồng phải bỏ đi. Được ít bữa Mây lại bỏ con đi mất. Núi lặn lội ôm con đi tìm Mây nhưng Mây nhất quyết không về. Để kiếm tiền nuôi con, Núi đành đi ăn xin, ăn cắp một thời gian, rồi gửi con ở quê để lên Hà Nội buôn bán. Nhưng vì một lần ăn cắp do thiếu vốn làm ăn mà cậu bị bắt lại vào tù. Trong thời gian ở tù, Hồng có đến thăm và cho Núi biết tin tức mẹ con Hiền, nhờ đó mà Núi đã liên lạc được với họ. Sau cùng, khi gặp lại Hiền cùng con thì Núi được cảm hóa và trở lại với con đường thiện lương